Esta entrega fue la que dio inicio a la saga de Golden Sun, muy conocida por muchos sin embargo su bien merecida fama se ha ido apagando un poco con el paso del tiempo aunque sigue estando muy lejos de lo que es ser olvidada. Esta entrega nos narra sobre la historia de Hans/Issac, aunque este puede ser nombrado por el jugador. Así es cómo empieza la historia del protagonista a partir de un día ordinario donde una serie de acontecimientos desastrosos lo obligaron a salir de su pacífica rutina en el pueblo de Tale/Vale, para iniciar una persecusión a dos antagonistas y tratar de frustrar sus planes ya que de lo contrario las cosas podrían terminar en la destrucción de todo lo que conoce.
En el transcurso de la historia del mundo de Weyard se progresó significativamente gracias al manejo de la alquimia. El aprendizaje de esta hizo que la civilización alcanzara una altura climax en lo que es progreso y conocimiento en general sin embargo, cómo era de esperarse, ningún poder puede manifestarse de esa manera sin atraer a personas que buscarán aprovecharse de la situación para saciar sus egoístas deseos. En una ocasión, anterior a la historia que nos trae esta entrega, el mundo estuvo al borde de la destrucción si no hubiese sido por unos sabios que sellaron ese poder en lo más profundo del Templo Sonne, dentro del Monte Aleph
Weyard no colapsó debido al mal uso de la psinergía, pero Weyard se vio privado de su energía elemental por lo que causó que el mundo empiece a destruirse por sí mismo, aunque en un proceso mucho más lento. Luego de todo eso es que comienza esta historia, donde al transcurrir bastante tiempo profanaron el templo mencionado con anterioridad con la intención de robar los cristales y activar los faros elementales que los mismos sabios de la antiguedad habían desactivado por el bien de la humanidad, si estos faros se activasen, se rompería el sello que una vez salvó Weyard y la anterior historia podría repetirse; eso es lo que Hans, Nadia y Garet, junto a otros amigos que hacen a lo largo de su aventura, deben evitar a toda costa.
